1957年4月，經內蒙交通廳批準，在原巴盟所在地成立了巴彥浩特運輸公司，當時有13臺貨車、19名職工。

1958年10月，以巴彥浩特公司為主體，接納原屬包頭公司的陜壩、五原兩站的人員和資產重組為巴盟運輸公司，公司所在地遷往磴口巴彥高勒鎮，張文旺、祥好分別負責黨政工作。

1962年9月，巴盟運輸公司與內蒙交通廳運鹽直屬車隊合并，隸屬交通廳，改稱烏達運輸公司并遷址烏達市三道坎，葆音達赍任黨委書記，張兆楷任經理。

1971年9月，公司從烏達遷至臨河，重新更名為巴盟運輸公司，隸屬關系變歸巴盟。宋明海任黨委書記、賀根才任經理。

1977年，趙生秀出任公司黨委書記。

1978年5月，公司被中央交通部和內蒙古自治區命名為“大慶式企業”。方成榮任經理代表公司出席全國工業學大慶會議，受到中央領導的接見。

1979年公司恢復“四項增產節約制度”，推行“三級核算，定額考核”等管理辦法，當年客車實現利潤15.7萬元，扭轉了客車連續10年虧損的局面。

1987年，李振國任公司黨委書記兼經理。

1989年，趙金玉任公司經理，李振榮任公司黨委書記，。

1993年12月，高星明任總經理兼黨委副書記，李振榮任黨委書記。

1994年5月，總公司被命名為“中華人民共和國最大服務企業”。

1996年6月，職代會通過將企業精神改為“團結、奮進、爭優、創新”。

1997年1月，總公司全面推行《車輛產權附條件轉移辦法》。

2001年，巴運晉升為國家二級客運企業。

2002年，公司通過開展“情滿旅途”活動，開始創建“巴運情”服務品牌。

2003年，巴運公司通過ISO9001：2001貨運質量體系認證。 

2003年，“巴運情”被認定為巴彥淖爾市知名商標。

2004年1月，巴運公司轉制為民有民營企業，更名為內蒙古巴運汽車運輸有限責任公司，出資人代表共1374人，選舉產生了第一屆股東會、董事會，高星明同志當選為新企業董事長、總經理，劉興歧當選為監事會主席。

2006年，“巴運情”被認定為內蒙古著名商標。同年公司榮膺“全國交通系統企業文化實踐創新獎”。

2006年，巴運投資1.5億元興建的臨河物流園區投入使用，這是公司史上自籌資金建設的規模最大的項目。

2007年6月29日，公司選舉產生了第二屆董事會、監事會，高星明繼續當選為董事長、總經理，魏榮琦當選為監事會主席。

2007年，巴運榮膺全球華商交通行業500強，全國道路運輸企業100強。

2007年9月20日，公司隆重舉辦建司50周年慶�；顒�，自治區交通廳領導及全國各地的合作伙伴到會祝賀。

2008年8月，巴運五個客運公司合并為一個客運公司，原客運分公司實行車隊建制。

2008年11月，公司貨運通過中國物流與采購聯合會最高級別物流“5A”級認定。

2009年3月，公司投資設立的巴運小額貸款公司正式成立，并開始開展業務。

2009年3月，獲得中國道路運輸協會貨運一級企業證書。

2009年4月，公司派人參加在北京召開的全國企業文化研討交流會，青島交運、巴運公司、張家口客運站作為全國道路運輸的三家企業代表在會上做了主題發言。

2009年10月15日，巴運五原物流園區如期竣工并投入使用。

2009年11月，天津港與巴運公司共同舉辦“天津港巴彥淖爾推薦會”，共同探討深入合作、共同開發擴大物流市場的有關事宜。

2010年1月，“巴運情”服務品牌被認定為全國馳名商標。

2010年5月，公司選舉產生了第三屆董事會、監事會，高星明當選為董事長、總經理，楊文茂當選為監事會主席。

2010年8月，公司在鄂爾多斯成立了巴運準旗物流子公司，采取公車公營辦法，與內蒙古伊泰集團建立長期的戰略合作伙伴關系。

2010年9月，公司舉辦了建司以來首屆職工文化藝術節，并規定今后每兩年舉辦一次。

2011年11月，公司榮獲2011年度全國交通運輸企業文化建設優秀單位，高星明總經理被評為全國交通運輸企業文化先進個人。

2012年4月，甘其毛都口岸客運站開工建設；5月，巴運臨河新客運站開工奠基；7月，巴運磴口汽車客運站開工奠基。

2012年7月，巴運公司成立了巴彥淖爾市通運天然氣有限責任公司。

2012年9月，巴運公司舉辦第二屆職工文化藝術節。

2012年12月，巴運公司成立旅游包車公司和輪胎銷售部。

2013年1月，總經理高星明當選為內蒙古自治區第十二屆人大代表。

2013年5月，巴運公司在美國成立分公司。

2013年6月，公司召開第四屆一次股東大會、董事會、監事會，高星明當選為董事長、總經理，王建興當選為監事會主席。

2013年11月23日，巴運公司召開臨河新客運站啟動新聞發布暨巴運商業廣場產品推薦會。

2013年12月1日，東風標致巴運4S店正式開業運營。

2013年，巴運公司榮膺本年度全國交通運輸企業文化建設卓越單位

2014年5月22日，巴彥淖爾城西客運站（陜壩客運站）開工奠基。

2014年8月28日，巴運公司舉辦第三屆職工文化藝術節。

2014年12月，巴運汽車站全面推行IC會員卡營銷措施和網上購票系統。

2015年元月，經董事會決定，王榮華任公司總經理。

2015年元月，客運總公司分為6個客運分公司，車隊建制改為分公司制。

2015年元月，巴運公司成立巴運通用航空公司。

2015年10月，磴口新汽車站正式投入運營。

2015年11月，巴運公司榮獲內蒙古自治區第二屆品牌大會“內蒙古名片●價值品牌”獎。